| 1. | Pusat Studi Gender (PSG) |
| Ketua : Dr. Shinta Dewi Rismawati, S.H., M.H. | |
| 2. | Lembaga Konsultasi dan Bantuan Hukum Islam (LKBHI) |
| Ketua : Saif Askari, S.H., M.H | |
| 3. | Lembaga Studi Islam dan Lingkungan Hidup (LSILH) |
| Ketua : Dr. Maghfur Ahmad, M.Ag. | |
| 4. | Lembaga Bimbingan Konseling (LBK) |
| Ketua : Dr. Sopiah, M.Ag. | |
| 5. | Center for Social and Human Resources Development (CSHRD) |
| Ketua : Dr. Imam Kanafi, M.Ag. | |
| 6. | Lembaga Kajian dan Pengembangan Belajar Mengajar (LKPBM) |
| Ketua : Dr. Zaenal Mustakim, M.Ag. | |
| 7. | Lembaga Kajian dan Pengembangan Pendidikan Agama Islam (LKP2AI) |
| Ketua : Maskhur, M.Ag. | |
| 8. | Lembaga Riset Pendidikan (LRP) |
| Ketua : Dr. Slamet Untung, M.Ag. | |
| 9. | Lembaga Advokasi dan Pengembangan Ilmu Kebahasaan (LAPIK) |
| Ketua : Muhandis, Lc., M.A. | |
| 10. | Lembaga Survei (LS) |
| Ketua : Dr. Salafudin, M.Si. | |
| 11. | Lembaga Hisab Rukyah (LHR) |
| Ketua : Drs. H. Muslih Husein, M.Ag. | |
| 12. | Lembaga Dakwah Kebangsaan (LDK) |
| Ketua : Dr. Sam’ani, M.Ag. | |
| 13. | Pusat Kajian dan Pengembangan Ekonomi Syariah (PKPES) |
| Ketua : Ahmad Syukron, M.E.I. | |
| 14. | Lembaga Pemberdayaan Alumni Syariah (LPAS) |
| Ketua : Drs. Tubagus Surur, M.Ag. | |
| 15. | Lembaga Pengkajian Pengadaan Barang / Jasa Pemerintah (LP2B/JP) |
| Ketua : Markholis, S. Pd.I. |
