IAIN Pekalongan menjalin kerjasama dengan Perguruan Tinggi dan instansi, baik dalam maupun luar negeri, yaitu:
1.    Kerjasama Luar Negeri

• Kerjasama dengan Kolej Universiti Perguruan Ugama Seri Begawan (KUPU-SB) Brunei Darussalam dalam rangka peningkatan kualitas akademik seperti Penelitian Ilmiah, Pengembangan strategi pelatihan yang berkaitan dengan akademik, pertukaran dosen, penyediaan beasiswa pada mahasiswa kedua belah pihak serta pertukaran publikasi ilmiah.
• Kerjasama dengan Universitas Canal Suez Mesir dalam rangka peningkatan kapasitas dosen dan mahasiswa, pengembangan kurikulum dan bahan ajar pendidikan, serta pengembangan hasil penelitian dan publikasi ilmiah.
• Kerjasama dengan University of Malaya (UM) Malaysia yang meliputi peningkatan kapasitas dosen dan mahasiswa, pengembangan kurikulum dan bahan ajar pendidikan, serta pengembangan hasil penelitian dan publikasi ilmiah.
• Markaz Pengkajian Kebudayaan dan Peradaban An Nuur Yaman
• Sundduk Al-khairi Littullab Almutafawwifin walajnah dakwah wa ta`lim al-islami lijanub sarqi asia
• Embassy of Islamic Republic of Iran
• International Islamic University College Selagor (KUIS) Malaysia
• Universitat Leipzig Jerman
• Institute Oriental Studies of the Universitat Leipzig, Germany
• Yayasan Auqaf Al-Mesbah Thailand
• Universiti Kebangsaan Malaysia
• Curtin University

2.    Kerjasama Dalam Negeri

• UIN Walisongo Semarang dan empat IAIN di Jawa Tengah, yaitu: IAIN Purwokerto, IAIN Salatiga, IAIN Surakarta, dan IAIN Kudus, Kerjasama ini dimaksudkan untuk menyamakan visi dan misi, dalam bentuk seminar, lokakarya, diskusi, dan forum ilmiah lainnya.
• Universitas Pekalongan (UNIKAL). Bentuknya tukar-menukar pengajar, informasi administrasi, dan lain-lain.
• Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Muhammadiyah, berupa pengiriman dosen-dosen Agama Islam.
• STMIK Widya Pratama melalui kerjasama pelatihan komputer bagi pegawai, dosen dan mahasiswa.
• MAN 02, MAN 03, SMA Negeri 02, SMA Negeri 03, SMA Negeri 04, SLTP Negeri 01, dan SLTP Negeri 03 Pekalongan sebagai tempat praktek mengajar bagi mahasiswa Jurusan Tarbiyah.
• Pengadilan Agama (PA) Pekalongan, PA Batang, PA Brebes, PA Tegal, dan PA Pemalang sebagai tempat praktek mahasiswa Jurusan Syari’ah.
• Pemerintah Kabupaten Tegal, Pemerintah Kab. Pekalongan, Pemerintah Kota Pekalongan dan Pemerintah Kab. Batang untuk pelaksanaan KKN dan Desa Binaan dalam rangka pengabdian pada masyarakat. Selain itu, IAIN Pekalongan juga mengadakan kerjasama dalam bentuk kegiatan yang lain, seperti ikut menggodok rancangan Peraturan Daerah melalui Lembaga Pengkajian Hukum dan Kebijakan Publik.
• Perpustakaan Nasional Republik Indonesia
• Perpustakaan-perpustakaan Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) dalam penyediaan dan penukaran informasi.
• LPTP Solo dan Lembaga swadaya masyarakat (LSM) lainnya serta organisasi sosial keagamaan.
• Bank Indonesia Kantor perwakilan Tegal
• Lembaga-lembaga perekonomian syari’ah di wilayah Pekalongan, seperti BNI Syari’ah, BRI Syari’ah, BTN, Bank Mualamat Indonesia, dan Bank Syari’ah Mandiri dan beberapa BMT di wilayah Batang, Pekalongan, Tegal dan Brebes.
• Dompet Dhuafa
• Perbankan (Bank Indonesia, BTN, BRI Syari'ah, BNI Syari'ah, BRI)